在這個電子技術高度發達的世界里，數碼寶貝作為GIGO推出的一款游戲流行于孩子們當中。某一天，主角在登陸網絡和朋友們聊天的時候，突然收到了一封神秘的郵件，他和朋友們在嘗試輸入了許多不正確的密碼之后，偶爾想到了這個詞：RE…Degitize。他們一起同時輸入了這個密碼，而后被從電腦中涌出的奇怪電子霧包裹住，消失在了現實世界中。

　　當主角醒來的時候，發現身后出現了一直亞古獸。亞古獸說自己正是主角一直在玩的那款游戲中所養的數碼寶貝，而且他們是數碼塔的「斗技場」中第三對組合。至于為什么主角會突然出現在這個本應不可能以肉體出現的世界中，亞古獸也不得而知，所以它建議主角和他一起去「はじまりの街」一起去尋找一下可以回到原本世界去的線索。

　　就在此時，突然有一頭加布獸沖了過來。至此我們進入第一場教學戰斗。

　　玩家所需要的給數碼獸下達指令。

• 　　「まかせた」是交給數碼獸自己判斷。
• 　　「アイテム」是給道具來支援。
• 　　「にげろ」是逃跑。
• 　　「離れろ」是遠離敵人。
• 　　「たえろ」是防御。
• 　　「思いっ切り」是全力進攻。

　　這些可以通過十字鍵來切換。

　　當HP\MP槽旁邊的必殺槽蓄滿的時候可以摁□鍵來發動，當摁下〇鍵指針正好停在有色區域內時，必殺傷害將倍增，而當敵人使用時，同樣讓指針停留在區域內可大幅度減少傷害。必殺槽可以通過攻擊以及受到傷害來回復。

　　戰斗后，筆直向前走便能來到はじまりの街。到達之后，先去公公獸加收集情報，筆直向前走即可。途中碰到的兩只幼年期數碼獸似乎很害怕主角，說著「又有人類來了」就逃走了。這是怎么回事?

　　在和公公獸的對話中，主角得知自己是第三個來到街道上的，前一名是個很傲慢的女孩子。主角表達了自己想要回到現實世界的想法，而公公獸則讓他去尋找失蹤了的倉庫老板，也就是之前所遇到的那只奇怪的加布獸。