種子的營養成分主要有糖類、脂肪和蛋白質，還含有礦物質和維生素等。

1.糖類 糖類是種子中重要的貯藏物質之一，在種子萌發時供給胚生長發育所必須的養料和能量。種子中所含的糖可分為可溶性糖和不可溶性糖。種子中可溶性糖的種類和含量在種子成熟過程中變動很大，充分成熟種子的含糖量變動幅度也較大，但幾乎完全不含還原糖（單糖），而主要以蔗糖的狀態存在。單糖在種子中只是一種過渡形式，在種子成熟過程中很快就轉化為雙糖和其他較復雜的糖。不溶性糖主要包括淀粉、纖維素、半纖維素、果膠等。纖維素雖然由葡萄糖根所組成，但通常不易被消化、吸收。半纖維素可以作為植物的“后備食物”，在種子發芽時能被半纖維素酶水解，為胚吸收利用。

2.脂類 絕大多數種子中都含有脂類物質，特別是油料作物種子中含油脂更多。脂類物質包括脂肪和磷脂兩大類，前者以貯藏物質的狀態存在于細胞中，后者是構成原生質的必要成分。種子中脂肪的品質與脂肪酸的種類有關，如芥菜種子中含有亞油酸、芥酸和亞麻酸等。亞油酸和亞麻酸均有降低血脂的功效。磷脂是細胞原生質的組成成分，主要累積在原生質表面，可生成多種膜。植物中磷脂存在于根、葉、種子等部分，以種子中的含量較多，一般可達1.6%～1.7%，在胚芽中的含量又較內胚乳中的為多。大豆種子磷脂含量特別豐富，尤以胚芽部分為高，子葉中也相當豐富。

3.蛋白質 種子中蛋白質的含量差異很大，豆科作物種子的蛋白質一般為25%～36%，油脂種子為18%～39%，禾谷類作物種子所含蛋白質一般不超過15%。

蛋白質可分為簡單蛋白質和復合蛋白質兩大類。簡單蛋白質是由許多不同的氨基酸組成，而復合蛋白質是由簡單蛋白質和其他物質結合而成。種子中的大部分蛋白質都是簡單蛋白質，只有極少部分是復合蛋白質。

種子所含蛋白質的營養價值除取決于種子中的蛋白質含量外，還取決于蛋白質狀態以及組成蛋白質的氨基酸類別和含量。一般來講，蛋白質由二十多種氨基酸組成，但不同種子中蛋白質存在著一定的差異，如果蛋白質的組成中缺少色氨酸、賴氨酸、蛋氨酸、蘇氨酸、亮氨酸、異亮氨酸、苯丙氨酸及纈氨酸等8種人體必需的氨基酸時，人體就不能利用植物中的蛋白質重新構成人體蛋白質。

4.維生素 種子中的維生素分為脂溶性和水溶性兩大類。種子中的脂溶性維生素有維生素A（視黃醇）和維生素E（生育酚），水溶性維生素有維生素C及維生素B族的維生素B1（硫胺素）、維生素B2（核黃素）、維生素B6（吡醇素）、維生素PP（煙酸）、泛酸和生物素等。

維生素C是葡萄糖經強氧化的衍生物，一些種子中沒有維生素C，但在種子發芽過程中能生成維生素C，因而在幼芽中維生素C含量比較豐富。豆類種子發芽過程中，能在子葉內合成維生素C。

維生素E在油脂種子中大量存在，它是一種抗氧化劑。

維生素B1、維生素B2、維生素B6等在大豆、花生、向日葵等種子中有較豐富的含量。

5.礦物質 種子中礦物質的含量比綠色體內的含量要低。一般豆類植物含礦物質較高，特別是大豆，礦物質總含量可高達5%。種子中所含有的礦物元素有磷、鈉、鉀、鈣、鐵、鎂、錳、硅等。